В 2006 году следователем Следственной части по ЦФО МВД РФ Бардиным было открыто расследование уголовного дела в отношении православного предпринимателя и основателя компании АО «Вашъ Финансовый Попечитель» (ВФП) Василия Бойко-Великого. Российский предприниматель, решивший превратить земли Рузского района в «курортно-рекреационную зону федерального и мирового уровня», обвинялся в мошенничестве в особо крупном размере, а также в легализации преступных доходов. Следователи предполагали, что он и десять его подельников незаконно приобрели в собственность земельные доли в реорганизованных совхозах.

В течение 10 лет расследования сумма ущерба, причиненная православным предпринимателем, оценивалась более чем в 347 миллионов рублей. За это время дело увеличилось в объеме до полутора тысяч томов, но количество не перешло в качество: в 2012 году следователь Бардин был отстранен от ведения дела за грубое нарушение норм Уголовно-процессуального Кодекса РФ. В 2016 году дело и вовсе было прекращено за отсутствием состава преступления – все сделки купли-продажи земель, долей и акций были признаны законными, а все «потерпевшие» и свидетели не подтвердили преступных действий Бойко-Великого или его «соучастников».

Суду были предоставлены многочисленные доказательства того, что на протяжении всего периода существования как ВФП, так и «Русское молоко» занимались своей прямой деятельностью. Несколько десятков наград, в том числе и полученная в 2014 году премия Правительства России за качество молочных продуктов, врученная В. Бойко-Великому лично премьер-министром Д. Медведевым, подтверждают это.

В 2020 году, после принятия поправок в ст.210 УК РФ (ФЗ-73), все обвиняемые подлежали освобождению от уголовной ответственности за отсутствием в их действиях состава преступления. По словам президента РФ Владимира Путина, при расследовании таких дел должно быть доказано, что компании создавались с заведомо преступными целями.

Еще до прекращения этого затянувшегося дела, в июне 2019 года Бойко-Великий был обвинен в хищении денежных средств банка «Кредит-Экспресс». Кроме него по этому делу задержали председателя правления банка «Кредит-Экспресс» Аллу Кабанову, главного бухгалтера банка Марию Антонову и еще четырех бывших сотрудников банка. В этот раз Бойко-Великий и остальные обвинялись в хищении 180 миллионов рублей и 929 тысяч долларов, а том числе со счета бывшего председателя совета директоров и совладельца «Кредит-Экспресса» Владимира Шеина. Согласно информации СКР, обвиняемые представляли подложные документы о якобы полученных кредитах, и похищали средства клиентов с депозитных счетов, это в частности привело к отзыву лицензии у банка. В банке были выявлены существенные снижения собственных средств, что «создало реальную угрозу интересам кредиторов и вкладчиков».

Сам Бойко-Великий не признает вину ни по одному эпизоду, поясняя, что никогда не занимался банковским бизнесом и не принимал никакого участия в хозяйственной деятельности банка «Кредит-Экспресс», являясь лишь заемщиком. Что касается Шеина, то между ним и обвиняемым был подписан договор займа, обязательства по которому были полностью выполнены до предъявления обвинения.

На всем протяжении этих дел особые меры (более жесткие, чем в аналогичных случаях), применяемые к Василию Бойко-Великому, подчеркивают неоднозначное отношение к некоторым персонам, активно выражающим свою жизненную позицию и продвигающим соответствующую политическую повестку. Православный предприниматель в одно время стал широко известен в связи с внутренним документом компании, в котором говорилось, что все работники его предприятий должны прослушать курс основ православной культуры и стремиться к исполнению христианских заповедей.