Шипулин выступал в сборной России с 2009 года. Ему удалось одержать 11 личных побед в Кубке мира. Всего он 43 раза попадал на подиум на этапах КМ.

В четырех своих сезонах ему удавалось входить в топ-3 общего зачета Кубка мира, однако большой Хрустальный глобус ему так и не покорился. В сезоне-2014/15 стал обладателем малого Хрустального глобуса в зачете гонок с общего старта. 

В 2014 году Шипулин в составе эстафетной команды выиграл золотую медаль Олимпиады. В 2010 году на ванкуверской Олимпиаде он завоевал бронзу в этой же дисциплине.

На его счету семь медалей чемпионатов мира – три серебряные и три бронзовые. Последнего успеха он добился в 2017 году, когда занял третье место в смешанной эстафете, а также выиграл золото в мужской эстафете.

- Рождественская гонка для меня будет последней в моей карьере. Я принял очень серьезное решение, что на этом моя спортивная карьера заканчивается. Послужило этому несколько причин, одна из которых и самая важная – прошлогодняя ситуация, когда нас не пригласили на Олимпиаду, когда мы готовились и были очень хорошо готовы. По ряду причин мы не поехали туда, - цитирует Шипулина Sports.ru.

Шипулин пропустил Олимпиаду 2018 года из-за скандала с допингом. Вся российская команда выступала под нейтральным флагом.